Основное решение
Включите второй способ поиска уже установленных на компьютер обновлений. При необходимости (и понимании последствий) включите опцию обновления из cf.
Обратите внимание, что по умолчанию обновлятор не выполняет переход между подредакциями (например, с версии конфигурации 2.0.*.* на версию 2.1.*.*.). Для этого нужно включить соответствующую опцию: ссылка.
Также по умолчанию обновлятор не выполняет переход между редакциями (например, с версии конфигурации 2.*.*.* на версию 3.*.*.*). Для этого нужно запустить переход явно (операция "Обновить на новую редакцию..."), либо явно указать файл с обновлением (об этом ниже).
Дополнительная возможность
Либо (если вы по какой-то причине не хотите включать второй способ для поиска обновлений на компьютере) отметьте нужные базы галками и выберите из пункта "Ещё" команду "Обновить из cfu (или cf), который я укажу...":
Далее укажите файл с обновлением из нужной папки:
Обновлятор применит указанное обновление ко всем отмеченным базам и выполнит все необходимые регламентные процедуры.