Большие файлы (например, обновления с сайта 1с) обновлятор скачивает при помощи утилиты "Tools/curl.exe". При этом обычно используется до 3 попыток скачивания на случай, если сетевое соединение будет нестабильно.

По умолчанию каждая новая попытка скачивает файл с самого начала, не учитывая данные которые уже были скачаны. Это делается для большей надёжности.

Но вы, при необходимости, можете включить механизм докачки для файлов большого размера.

Для этого зайдите в дополнительные настройки программы, закладка "Системные настройки". Здесь в разделе "Разное" установите опцию "Использовать докачку при скачивании больших файлов":

Ещё раз обращаю ваше внимание, что в этом случае докачка будет использоваться при скачивании только в тех местах обновлятора, где я это предусмотрел (для больших файлов).