Такое сообщение означает, что разработчиками конфигурации допущена ошибка в модуле внешнего соединения, который выполняется при внешнем подключении к базе.
Если для вас доступна поддержка разработчиков этой конфигурации, тогда напишите им об этой ошибке.
При наличии этой ошибки ничего не остаётся кроме как зайти в свойства проблемной базы и установить галку "Для этой базы используется базовая платформа": ссылка.
В этом случае обновлятор сможет работать с базой, потому что не будет предпринимать попытки подключения к ней.
Но из-за этого не будут автоматически выполняться обработчики обновления и будут недоступны некоторые операции обновлятора над базой.