В последней версии "тройки" привычный пункт "Параметры учета" переехал и распался на несколько частей.
Перейдите в раздел "Администрирование" и найдите здесь пункты "Параметры учета" и "Настройки проведения документов" ( у вас другое меню? ):
В первом пункте ("Параметры учета") углубляясь по ссылкам вы сможете найти все те же параметры, что и в старых настройках:
Во втором пункте ("Настройки проведения документов") вы сможете включить списание запасов при отсутствии остатков:
