При запуске обновления с расширенными параметрами:
Появляется окно расширенных настроек:
Здесь вы можете легко переопределить логин и пароль ИТС для всех баз. Значение указанные в этом окне будут использоваться вместо тех, что заданы (если они заданы) в настройках обновлятора.
Более того, значения логина и пароля, введённые в этом окне - нигде не будут сохраняться. В этом их основной смысл - ввести логин и пароль на один раз (на одно обновление), чтобы не сохранять их на компьютере пользователя.
Также обратите внимание на возможность переопределения доступа к ИТС в свойствах конкретных баз: