Процесс тестирования базы 1С 8.3 (который детально я описал здесь) будет занимать время, зависящее, во-первых, от размера базы. Это пожалуй главный фактор. А, во-вторых, от того сколько пунктов из тестирования вы захотите сделать. Например, по опыту, скажу, что пересчет итогов - очень долгая операция (может занимать несколько часов), а, скажем, для проверки логической целостности - хватит и 10 минут.
В любом случае не стоит запускать тестирование базы в начале рабочего дня, лучше оставить эту задачу компьютеру на ночь. Не лишним также будет напомнить, что делать резервную копию перед тестированием строго обязательно.