При втором способе поиска обновлений на сайте обновлятор скачивает с сервера 1С достаточно большой файл (более 60 мегабайт) с полным описанием всех обновлений ко всем конфигурациям.

Он делает это один раз, а далее использует уже скачанный файл, лишь раз в час проверяя не изменился ли заголовок файла на сервере. Скачанный файл принудительно удаляется из кэша лишь при перезапуске обновлятора - это делается для большей надёжности операций, ведь теоретически в кэш может попасть битый файл, который будет использоваться обновлятором для поиска обновлений в течение суток пока не изменится файл на сервере 1С.

В том случае, если у вас очень плохая связь и этот файл скачивается слишком долго, вы можете отключить очистку кэша при запуске обновлятора. Для этого нужно зайти в дополнительные настройки программы, закладка "Системные настройки", раздел "Разное" и здесь установить опцию "Не удалять из кэша файл с описанием обновлений на сервере при запуске":